Открываем конфигуратор и делаем отбор по подсистеме "Битрикс".
В дереве метаданных мы видим теперь только объекты старого модуля. Удаляем их. Восстанавливаем отображение всех подсистем и удаляем, теперь уже пустую, подсистему "Битрикс".
После этого, если в системе нет больше измененных данных, ставим конфигурацию вновь на поддержку. Для этого смотрим на релиз конфигурации,
идем на
портал ИТС за точно такой же конфигурацией. Устанавливаем ее, выгружаем файл *.cf и загружаем его в свою конфигурацию.
P.S.
Как отключить отбор по подсистемам?
Нажать на кнопку «По подсистемам» -> Отключить